Merge pull request #61 from ARMeeru/fix/python-execute-host-port-scope

fix(agent): strip port before python_execute scope check

连续拆分 core.py（抽出 LLM、工具编排、主循环、recon 追踪模块）、统一版本到 0.2.5、新增 CONTRIBUTING.…

…md，并修复了 MCP 启动阶段的异步清理报错。