Les médias traditionnels restent plus influents que les sites d'information. Les journaux et les groupes audiovisuels principaux sont détenus par les cinq conglomérats médiatiques les plus importants du pays : Yomiuri, Asahi, Nihon-Keizai, Mainichi et Fuji-Sankei. Yomiuri et Asahi sont les journaux les plus diffusés au monde, avec respectivement 5,3 millions et 3,2 millions d'exemplaires vendus par jour. Parallèlement, Nippon Hōsō Kyōkai (NHK) est l'un des plus grands radiodiffuseurs publics au monde.

Depuis 2012 et l’accession au pouvoir de la droite nationaliste, les journalistes se plaignent d'un climat général de méfiance, voire d’hostilité à leur égard. Cette situation est renforcée par le système des kisha clubs (“clubs de journalistes”), qui continue de régir l’accès à l’information. Si certains clubs – comme ceux rattachés aux tribunaux, aux bureaux du procureur ou au ministère de la Santé, du Travail et des Affaires sociales – permettent aux pigistes et aux journalistes de médias alternatifs d’assister à des points presse aux côtés d’organisations de la société civile, l’accès aux conférences de presse avec les ministres et hauts fonctionnaires est souvent réservé aux seuls membres des clubs. Cet accès sélectif renforce la hiérarchie au sein du paysage médiatique, pousse les reporters à l'autocensure et représente une discrimination flagrante envers les journalistes indépendants ou étrangers.

Plusieurs facteurs juridiques et réglementaires limitent la capacité des journalistes à enquêter sur le terrain. Par exemple, en raison de la formulation vague de la loi sur la réglementation de l’utilisation des sols, les journalistes n’ont pas accès à 583 zones proches d’installations de défense et d’infrastructures jugées "d'intérêt pour la sécurité nationale", comme par exemple les centrales nucléaires et les bases militaires, alors que des reportages sur ces sites pourrait relever de l’intérêt public. Une atteinte à cette loi est passible d’une peine de deux ans de prison et d'une amende pouvant atteindre 2 millions de yens (environ 11 000 euros). Le gouvernement refuse également de modifier une loi sur la protection des secrets d’État, qui punit la publication d'informations obtenues "illégalement" d'une peine pouvant aller jusqu'à dix ans de prison.

La presse papier conserve une place majeure au Japon, affichant l’une des plus fortes diffusion par habitant au monde. Mais son avenir reste incertain, en raison du déclin de son lectorat dans un pays au vieillissement démographique avancé et de l’essor des médias en ligne. Le Japon ne dispose d'aucune réglementation limitant la propriété croisée de journaux et de groupes audiovisuels, ce qui a conduit à une concentration extrême des médias et à la croissance de groupes de taille considérable, à l’image du journal Nikkei Business Daily, qui emploie plus de 1 500 journalistes. 

Au Japon, le gouvernement et les entreprises exercent régulièrement des pressions sur la direction des médias grand public, ce qui se traduit par une forte autocensure sur des sujets qui pourraient être jugés sensibles, comme la corruption, le harcèlement sexuel, les questions de santé ou la pollution. Ces dernières années, le gouvernement a considérablement réduit le nombre de journalistes invités à ses conférences de presse, prétextant des mesures sanitaires liées à la pandémie, et a ajouté le groupe audiovisuel public NHK à la liste des organisations censées suivre ses "instructions" en cas de crise nationale majeure.

Si les journalistes japonais jouissent d'un environnement de travail relativement sûr, certains ont été poursuivis par des politiciens pour le simple fait d’avoir retweeté un contenu jugé "diffamatoire". Sur les réseaux sociaux, des groupes nationalistes harcèlent régulièrement les journalistes qui critiquent le gouvernement ou couvrent des sujets "antipatriotiques", tels qu’en évoquant la lenteur de la réponse à la catastrophe de Noto ou en utilisant le terme "eau radioactive traitée" employé pour désigner l'eau de Fukushima.